想要抵达二周目火箭队仓库，需要完成一之岛红宝石剧情，收集两段专属密码，乘船来到五之岛的五之岛草原，调查仓库大门输入全部密码后即可开门进入。该地点坐落在五之岛南侧的草原区域，很多玩家抵达五之岛直接找到仓库建筑，却因为缺少前置条件无法开启大门，这也是卡关最常见的原因，仓库并非依靠钥匙开启，两段剧情密码是进入这里的硬性门槛，没有集齐密码无论如何都无法推开铁门。
前置流程需要从一之岛灯火山开始推进，完成一周目通关之后，前往库吉市码头搭乘船只前往一之岛，接取精灵中心NPC的宝石搜寻任务，前往灯火山内部，在火山山脚会撞见两名火箭队小兵，偷听对话获取第一段仓库密码，接着深入洞窟拿到红宝石交还给NPC，解锁前往四至七岛的航行权限。完成这一步之后，乘船来到五之岛，在岛屿南部草地可以直接看到火箭队仓库的建筑，此时调查大门只会提示密码不足，不能进入，不要在仓库门口反复尝试，需要继续前往六之岛获取第二段密码。
抵达六之岛后，向南行进找到点之穴遗迹，使用居合斩劈开洞口的灌木大门进入洞穴，洞穴内部不能正常走路通行，需要按照上、左、右、下的顺序依次跳下平台，一路落到洞穴最底层，就能看见地面摆放的蓝宝石，靠近拾取时火箭队的研究员会突然现身抢走宝石，同时对话给出第二段仓库密码，至此两段密码全部收集完毕。拿到密码之后返回码头坐船重新回到五之岛，走到五之岛草原的仓库大门处，调查铁门依次输入两段密码，厚重的铁门就会解锁，正式可以进入火箭队仓库内部。
拿到蓝宝石返回一之岛精灵中心交付，不仅可以解锁跨版本通信功能，同时华蓝市后方的超梦洞穴的阻拦人员也会消失，解锁捕捉超梦的重要内容，五之岛周边的不归洞穴、水之迷宫还能同步完成支线，获取波克比的蛋、丝绸围巾等额外奖励，丰富二周目的收集内容。
