火箭团仓库坐落于七岛群岛当中的五之岛草地区域，处在五之岛城镇向东延伸的林间空地之内，只有集齐两组开门密码之后，才能开启仓库大门进入内部探索。想要顺利抵达这片区域，首先要坐船抵达五之岛码头，上岸之后朝着岛屿东侧行进，穿过成片的树林小道，就能看到被树木环绕的独立建筑，这座建筑就是火箭团藏匿物资与重要宝石的专属仓库，刚抵达门口时大门处于锁定状态，无法直接进入，必须先完成前置剧情收集密码才行。
开启仓库的两组密码有着固定的获取路线，第一组密码需要前往灯火山，击败驻守在山洞深处的火箭团队员后便可得知，第二组密码则要前往六之岛的点之穴，深入洞穴底层夺回被夺走的蓝宝石情报，从火箭团研究员手中拿到剩余密码。集齐两组密码返回五之岛仓库门口，在密码输入装置上依次输入就能解锁大门，进入仓库之后会遇到大面积的方向传送地砖迷宫，地砖会按照箭头方向强制移动行进路线，整个迷宫布满木箱阻隔，还有多名火箭团团员驻守，随时会发起对战阻拦去路。
穿越传送地砖迷宫有着固定的行进路线，先向左踏上传送地砖完成位移，向上移动抵达黄色固定地砖后向右行进，踩下向下的传送地砖继续绕行，往西折返向上可以拾取珍珠道具，再借助右侧向上的地砖进入西侧房间，房间内能找到升级道具，同时还要击败驻守的火箭团女性团员。之后重新返回迷宫区域，向西移动穿过迷宫中心位置，往东北方向走到中央房间，可拾取污泥炸弹招式机器，继续向南击败守卫团员就能走出迷宫区域，仓库深处还藏有大珍珠、网球、巢穴球等稀有道具，全部搜刮完毕后才能挑战仓库内部的火箭团干部。
挑战仓库干部之前，需要提前做好宝可梦阵容搭配，火箭团团员普遍使用毒系、飞行系宝可梦，经常使用中毒、混乱类干扰招式，队伍里准备超能系、地面系宝可梦能够有效克制，同时携带解毒剂、清醒药等恢复道具，避免宝可梦陷入异常状态导致战斗失利。击败两名干部之后，火箭团七岛分部会就此解散，还能顺利拿到关键的蓝宝石道具，这颗宝石是打通群岛剧情、连接通信系统的核心物品，完成这段流程之后，仓库也可以自由进出，后续还能再次返回收集遗漏的道具。
